日本是开展纳米技术基础和应用研究最早的国家。早在1981年,日本科学技术厅(现改为文部科学省)就推出了“先进技术的探索研究计划”(Exploratory Research for Advanced Technology,ERATO),每年启动4个ERATO基础研究项目,每个项目实施5年,研究内容绝大部分是纳米技术的前沿课题,如纳米电子学、纳米材料学、纳米分子学、纳米加工和纳米结构等研究领域的课题。ERATO研究计划在经费和人员配置方面得到有效保障。每个ERATO研究项目的经费为20亿日元(约2000万美元),直接从日本政府当年的预算中支出,不受外界经济波动的影响。在人员配置上组成三个研究小组,每个小组有4-5名研究员,同时聘有世界一流的科学家作为它们的研究顾问,许多诺贝尔奖获得者都曾先后成为ERATO研究计划的研究顾问。迄今,ERATO研究计划已取得了许多世界一流的首创性研究成果,代表着日本甚至世界的纳米基础研究学术水平。据统计,自1981年ERATO创立到2000年为止,ERATO一共发表了学术论文9000余篇,其中包括30余篇在英国《Nature》杂志发表的论文,申请了专利1500余项。
在这些研究所中,特别值得一提的是国家先进跨学科研究所(National Institute for Advanced Interdisciplinary Research,NAIR)。该研究所的建立是为了更加有效地开展通产省于1991年开始实施的大型10年研究计划“原子技术研究计划”,它的建立也开创了日本国立研究所的一种新的研究模式,即官、产、学相结合的研究模式。该研究所研究人员当中约有80%以上是来自日本的其他国立研究机构、大学和企业界,这不仅有利于日本国内纳米技术研究领域的协调进行,而且有利于加快纳米技术在日本的产业化进程。1992年,该研究所和日本及美国的20余家大型企业联合成立“原子技术联合研究中心”(Joint Research Center for Atom Technology,JRCAT),从事原子分子极限操作技术的研究。目前JRCAT已经在原子分子识别和操作技术、电子的自旋控制以及原子分子动态过程的理论解析技术等领域进行了非常深入的研究。这些技术是纳米电子学,纳米加工技术和未来量子计算机技术的关键。截止到2000年,JRCAT已经发表了学术论文近600篇,其中包括10余篇英国的《Nature》论文,同时,JRCAT还申请了有关纳米技术方面的专利118项。可见,JRCAT是一个非常成功的大型研究联合体,在国际上也具有很大影响力。